REFA’s anlæg overvåges fra kontrolrummet på Energivej 4 i Nykøbing F.
Kontrolrummet er bemandet i døgndrift året rundt. Herfra overvåges energiproduktionen på kraftvarmeværket i Nykøbing F. og de tre biovarmeværker i Holeby, Stubbekøbing og Nykøbing F.
REFA har også en effektiv kontrol med værker og anlægs påvirkning af miljøet.
Kraftvarmeværket er et godt eksempel. Både intern og ekstern kontrol holder løbende øje med røgen fra værkets tre ovne. Hver måned offentliggør REFA de seneste data fra forbrændingsanlæggets tre ovne.